Boas Jose! Nunca me aconteceu tal coisa, mas eu diria que podera ser o substrato a libertar alguma coisa lentamente para a agua, e que atinge algum nivel demasiado elevados passados alguns dias... Mas essa teoria "nao cola" pois apos uma TPA, em teoria mesmo que estivesse alguma coisa em concentracao muito elevada, a TPA iria tratar disso. A unica coisa que me ocorre, e que a tua agua da torneira esteja a sair com alguma coisa que lhe seja toxica, mas calculo que tambem estejas a usar algum condicionador... Sera que uma limpeza do filtro nao ajudava, so para descartar que nao ficou cheio de alguma porcaria aquando essas mudancas?
Quanto ao co2 eu tambem ja tive esse problema, acontece-me principalmente quando se acaba a bilha e troco por uma nova! A minha teoria e que sem co2 durante muito tempo (coisa que te aconteceu pois fizeste bastantes mudancas no aqua) a concentracao do co2 baixa para 0, e ai demora mais um pouco ate comecares a ver a coisa regulada (isto porque mesmo com o co2 fechado a noite, nunca ficas com 0 concentracao na agua, dai quando arranca no dia a seguir, ja tens algum diluido na agua). Outra coisa que podera provocar isso, seria se tivesses mais agitacao a superficie da agua, ai a mais trocas gasosas, e o co2 e menor na agua...
Quanto ao problema que tiveste com a blyxa, eu tive exactamente o mesmo problema! Curioso que os pes que consegui tirar do substrato, podar e replantar ficaram na boa! As que podei directamente na agua, aconteceu-me o mesmo que tu, tive de acabar por tirar e replantar.
Sei que nao e grande ajuda, mas talvez alguma destas dicas te ajude a encontrar o teu problema.