Aí já não concordo com o João,
o problema não foi teres posto a flora toda, não há mal nenhum nisso. O problema é mesmo o ciclo que não estava terminado. As plantas vivem bem das reservas durante um mês, vão retirando o que precisam do substrato fértil.
Mas como hà 2 meses que não têm nitratos, as algas estão a ganhar.
Noutra coisa concordo com o João, talvez não consigas salvar tudo. Vai metendo pequenas doses de fertilizante (o que tens aí é de macro ou micro?) e vai vendo se as algas aumentam. Se for o caso paras, senão vais aumentando progressivamente a dose. Pode ser que as plantas reagam.
Já agora, consegues pôr uma foto do aquário? De vez em quando é mais fácil de ter ideias.
Não desesperes, também já passei por isso, e vê lá o aquário que tenho agora!
Abraço