Olá Joana,
vamos tentar ajudar,
Se fosse alguém que estivesse realmente no hobby eu mandava-te ler umas coisas. Sendo que estás nisso forçada, vou te dar uma ajuda mais prática.
A bomba de ar não é necessária, apenas é preciso garantir alguma agitação à superficie com o filtro.
Os valores de cloro estão muito altos, não referes de quanto em quanto tempo e que quantidade de água é que é mudada nesse aquário. Para evitar inserir cloro, no teu caso, o ideal seria manter a água da torneira em repouso durante dois dias (num garrafão destapado) antes de usar. Semanalmente convem mudar cerca de 15/20 % da água.
Quando for necessário lavar a esponja do filtro, ter o cuidado de usar água retirada do aquário para não matar as bactérias no filtro. Reservar a água que se troca do aquário é o que toda a gente faz. Uma vez por mês será suficiente
Se for possivel considerar algumas plantas naturais para o aquário seria o ideal, ajudarão a manter o aquário mais saudavel (se for caso depois discutimos quais).
Os níveis de nitratos estão dentro do aceitável.
Chegando ao cerne da questão. Neste momento identifico duas causas para os peixes doentes (além dos sucessivos cruzamento genéticos que identificaste, e muito bem). Provável envenenamento por nitritos/amónia e claramente uma infecção bacteriana.
No caso do envenenamento por nitritos, explica-se se os resultados dos testes forem fiáveis. Como não tens teste de amónia e dizes que tens o aquário sobrepovoado, será uma das causas prováveis. Adição de plantas e uma maior frequencia de TPA (Trocas parciais de água) são fundamentais.
Para o segundo caso terás que adicionar medicamentos de largo espectro directamente no aquário Sera Bactopur ou equivalente. Não te preocupes com os peixes que não estão doentes, o medicamento agirá como profilático. Sendo uma infecção bateriana, e estando já os peixes em contacto há tanto tempo, todos os peixes estão agora possivelmente sujeitos a ela.
Se puderes descartar as conhas e as pedras porosas (caso sejam calcareas - tira-as da água e deita-lhes vinagre em cima, se vires que começam a espumar é porque o são) os guppys ficariam mais descansados.
Os invertebrados, se não são caracois/buzios ou camarões, não faço ideia do que sejam!
ATENÇÃO ao ires às lojas da especialidade quando fores comprar os testes muitas vezes sabem menos do que deviam.
Por fim deixo te um guia para te ajudar a identificar algumas doenças mais facilmente.
http://www.sera.de/fileadmin/epapers/aqua-health-pt/page5.html#/24
É provável que os teus peixes, devido ao stress ambiental em que vivem tenham sintomas de mais do que uma doença, daí a utilização do medicamento de largo espectro.
Espero ter ajudado.