Nuno,
conseguiste saber porque ficam escuros ? Com toda esta discussão, se sim, se não, etc e tal.
Pelo que sei, essas manchas devem-se ao stress a que o PEIXE ficou ou está sujeito.
Verifica se não tens nenhum outro peixe a massacra-lo. Ou se estão reunidas as condições para que ele se sinta confortável, pois são PEIXES que gostam de "tocas" para se enconderem e "cavarem".