Olá!
Eu no meu aqua estou tb nessa situação, embora esteja já a desaparecer.
Apareceu-me algas filamentosas, inicialmente coladas ao vidro traseiro e dps começaram a aparecer tb nas plantas. Parecem uns cabelos pequenos ... e tambem me apareceram as green spot, que são pontinhos verdes. Eu tenho num tronco. Estas são praticamente impossiveis de irradicar.
Elas apareceram devido aos nitratos muito baixos e fosfatos muito altos.
Era conveniente fazeres estes testes ...
O que estou a fazer agora é TPA´s com fartura, todos os dias, e reduzi o numero de horas com a iluminação ligada. Para além disso, tenho uns Ottos que de vez em quando andam lá (não sei confirmar se as devoram ou não, mas k andam lá, eles andam!!)
Posso te dizer que de dia para dia, as vejo ficarem cada vez menos... acho k a redução da luz ajuda muito.
No teu caso, como dizes que "pequenos pontos verdes " poderão ser green spot, o k é mais complicado, mas tenta pôr uma foto porque é mais fácil para identificar, ou então vê aqui no forum. Há um tópico inamovivel acerca dos diferentes tipos de algas, dá uma olhada para vêr se algum se enquadra no k tu tens.