Há sempre uma diminuição de caudal, quer se passe de secção grande para pequena quer seja ao contrário (as diminuições são muito parecidas mas não exactamente a mesma). O que querias dizer parece-me que é que há uma diminuição da velocidade, que será dada primeiro pela diminuição de caudal, segundo e muito mais importante pelo aumento da secção.
Em qualquer caso o efeito é exactamente o que referes, o de menor arrasto das bolhas de CO2.
Note-se que cada um destes filtros leva a uma diminuição do caudal. Por isso, quem tiver um filtro que esteja dimensionado para o seu aquário, mas perto do limite, pode ter problemas: primeiro, quando o filtro e/ou tubagens está sujo, o caudal fica menor que o aconselhável. Depois, se tiver estes aparelhos ligados ao filtro, em cada um perde-se caudal, e subitamente, mesmo com o filtro limpo, a filtragem biológica deixa de ser suficiente. Se for esse o caso, é aconselhável ter uma bomba de água dedicada ao UV e CO2. Se o filtro estiver mais "às largas", então não haverá problema - excepto claro que se o caudal for grande demais o UV não vai ser suficiente porque a velocidade da água vai ser tão grande que o UV não tem tempo de a esterilizar convenientemente. Isso pode ser resolvido com os tais Ts (um antes do filtro UV, outro depois, de modo a regular à vontade do freguês o caudal que passa pelo UV), mas é outra perda de caudal em cada T. Se o novo filtro que meteres for muito potente, e o UV não (para um Eheim 2232 já tens que ter uns 9 ou 15 W para esterilizar a água!), então o UV vai ajudar no controlo da turvação e das algas, mas nem todos os bichinhos maus (virus, bactérias) vão morrer; aí, convém teres o UV ligado 24h/dia, o que é pouco eficiente, no fundo está ligado muito tempo para compensar o caudal muito elevado. Mais valia ter uma bomba de caudal mais baixo, ou os Ts se pusres um filtro com caudal maior, em que alguma perda não seja crítica!
Resumindo: se tiveres um sistema bem dimensionado acho que tens aí um belo sistema (sobretudo se o UV for com tubo de quartzo), parabéns!