Olá Paulo,
Não conseguirás evitar a acumulação de porcaria no fundo sem aspirações e mudanças de água de forma rotineira (pelo menos uma vez por mês para as mudanças e 15 em 15 dias para as mudanças, isto partindo do princípio que o teu aquário não está sobrepovoado de peixes).
É um erro pensar que os plecos, as corys e outros peixes como os bótias efectuam a limpeza do aquário. Depois de provarem comida da boa podes acreditar que tão cedo eles não tocam nas algas, nem em comida que os outros peixes possam ter deixado passar e já esteja há algum no fundo do aquário... De início ainda lá vão, mas depois, se ficam mal habituados...
Tenta não dar muita comida aos peixes, é preferível dares muito pouca comida de cada vez e muitas vezes ao dia (claro que para quem trabalha, por exemplo eu, isso é muito bonito de se dizer...). Desta forma evitas a acumulação de comida no fundo. Depois fazes umas aspirações ao areão de vez em quando, complementas com umas mudanças de água de outro tanto em tanto tempo e assim consegues manter o aquário mais ou menos estável.
O filtro externo, tal como tinha referido, é apenas uma questão de custo/benefício. Mesmo assim penso que se arranjam por aí filtros externos de menor filtragem de água. Apenas te recomendo o filtro externo pois ficas com mais espaço dentro do aquário, é mais fácil de limpar, e podes ter também uma boa filtragem biológica.
Podes sempre pensar em investir num filtro melhorzinho para um eventual aquário novo... mas é só uma ideia.