Podes colocar o setup completo do que tens aí?
O Manado é um substrato pobre em nutrientes. Além disso é muito leve o que não ajuda a suster as plantas. Para já isso não é grande problema mas mais tarde se tiveres fauna que remexa no fundo vais ter problemas. É normal as plantas perderem algumas folhas na transição do seu estado emerso para imerso. Ainda para mais num sistema biológico que está ainda a estabelecer-se. Devias alisar mais o solo para evitar zonas mais fundas onde a "porcaria" tem tendência a ficar.
Em relação á disposição da entrada e saída de agua do filtro, devias ter ambos colocados numa das laterais para que a circulação de agua se faça por igual por todo o aquário. E podes encher mais o aquário, basta deixar 1 a 2 dedos livres 😁