Idealmente, qualquer matéria filtrante deve ser lavada apenas com água retirada do aquário para não matar as bactérias. Isto é especialmente importante se o filtro só tiver essa esponja. Se o filtro tiver mais matérias filtrantes (por exemplo, cerâmicas), lavar com água corrente não terá tanto impacto no ciclo do azoto, mas ainda assim é de evitar.
A frequência com que isso se deve fazer depende de muitos factores, desde quantidade e tipo de peixes, alimentação que é dada, etc.
Todas as matérias filtrantes e peças do filtro (como por exemplo o rotor da bomba) devem ser limpas/lavadas com alguma regularidade para manter os filtros a funcionar correctamente.