Na minha opinião, a água deve estar assim por teres remexido o substrato. E se desligaste o filtro para a manutenção, o acto de ligar/desligar pode ter causado alguma sujeira.
Há boa movimentação da água no aquário?
Não é das melhores soluções, mas podes agora ao inicio testar colocar um pouco de carvão activado no filtro. De resto é continuar a fazer umas boas tpa's, que isso vai ao sitio.